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脑区图

弃用通知

本文档及以下函数将在未来版本中弃用：

  • plot_human_brain_figure
  • plot_human_hemi_brain_figure
  • plot_chimpanzee_brain_figure
  • plot_chimpanzee_hemi_brain_figure
  • plot_macaque_brain_figure
  • plot_macaque_hemi_brain_figure

请使用统一的新函数：plot_brain_surface_figure。

使用前，请确保安装了支持该函数的指定版本的 surfplot。
具体安装说明请参阅：安装/依赖指南。

脑区图是一种用于在大脑皮层表面可视化数值数据的图表。 它能够将不同脑区的数值映射到大脑皮层的相应区域，并以颜色编码的方式展示这些数值的分布情况。 这种图表常用于展示神经科学研究中的各种脑区指标，如BOLD信号强度、髓鞘化程度、体积或厚度或其他数值化的大脑特征。

plot_brain_surface_figure 函数基于 surfplot 库开发，提供了一个统一且简化的接口来绘制人脑、猕猴脑和黑猩猩脑的脑区图。 目前支持多种脑图谱包括：

  1. 人 Glasser (HCP-MMP) 图集1。图集 CSV 文件。
  2. 人 BNA 图集2。图集 CSV 文件。
  3. 黑猩猩 BNA 图集3。图集 CSV 文件。
  4. 猕猴 CHARM 5-level 4。图集 CSV 文件。
  5. 猕猴 CHARM 6-level 4。图集 CSV 文件。
  6. 猕猴 BNA 图集5。图集 CSV 文件。
  7. 猕猴 D99 图集6。图集 CSV 文件。

全脑

快速出图

Info

画图前请确保脑区名字正确。

from plotfig import *

data = {"lh_V1": 1, "rh_MT": 1.5}

ax = plot_human_brain_figure(data)

C:\Users\RicardoRyn\AppData\Local\Temp\ipykernel_32020\3935563387.py:5: DeprecationWarning: plot_human_brain_figure 即将弃用，请使用 plot_brain_surface_figure 替代。未来版本将移除本函数。
  ax = plot_human_brain_figure(data)

png

import matplotlib.pyplot as plt
from plotfig import *

macaque_data = {"lh_V1": 1}
chimpanzee_data = {"lh_MVOcC.rv": 1}

fig1 = plot_chimpanzee_brain_figure(chimpanzee_data, title_name="Chimpanzee")
fig2 = plot_macaque_brain_figure(macaque_data, title_name="Macaque")

C:\Users\RicardoRyn\AppData\Local\Temp\ipykernel_25800\3219235559.py:7: DeprecationWarning: plot_chimpanzee_brain_figure 即将弃用，请使用 plot_brain_surface_figure 替代。未来版本将移除本函数。
  fig1 = plot_chimpanzee_brain_figure(chimpanzee_data, title_name="Chimpanzee")

png

png

参数设置

全部参数见 brain_surface_deprecated 的 API 文档。

from plotfig import *

data = {"lh_V1": 1, "rh_MT": 1.5, "rh_V1": -1}

ax = plot_human_brain_figure(
    data,
    surf="inflated",
    cmap="bwr",
    vmin=-1,
    vmax=1,
    colorbar=True,
    colorbar_label_name="AAA"
)

C:\Users\RicardoRyn\AppData\Local\Temp\ipykernel_25800\2158603925.py:5: DeprecationWarning: plot_human_brain_figure 即将弃用，请使用 plot_brain_surface_figure 替代。未来版本将移除本函数。
  ax = plot_human_brain_figure(

png

  1. Glasser, M. F., Coalson, T. S., Robinson, E. C., Hacker, C. D., Harwell, J., Yacoub, E., Ugurbil, K., Andersson, J., Beckmann, C. F., Jenkinson, M., Smith, S. M., & Van Essen, D. C. (2016). A multi-modal parcellation of human cerebral cortex. Nature, 536(7615), Article 7615. https://doi.org/10.1038/nature18933 ↩

  2. Fan, L., Li, H., Zhuo, J., Zhang, Y., Wang, J., Chen, L., Yang, Z., Chu, C., Xie, S., Laird, A. R., Fox, P. T., Eickhoff, S. B., Yu, C., & Jiang, T. (2016). The Human Brainnetome Atlas: A New Brain Atlas Based on Connectional Architecture. Cerebral Cortex (New York, N.Y.: 1991), 26(8), 3508–3526. https://doi.org/10.1093/cercor/bhw157 ↩

  3. Wang, Y., Cheng, L., Li, D., Lu, Y., Wang, C., Wang, Y., Gao, C., Wang, H., Erichsen, C. T., Vanduffel, W., Hopkins, W. D., Sherwood, C. C., Jiang, T., Chu, C., & Fan, L. (2025). The Chimpanzee Brainnetome Atlas reveals distinct connectivity and gene expression profiles relative to humans. The Innovation, 0(0). https://doi.org/10.1016/j.xinn.2024.100755 ↩

  4. Jung, B., Taylor, P. A., Seidlitz, J., Sponheim, C., Perkins, P., Ungerleider, L. G., Glen, D., & Messinger, A. (2021). A comprehensive macaque fMRI pipeline and hierarchical atlas. NeuroImage, 235, 117997. https://doi.org/10.1016/j.neuroimage.2021.117997 ↩↩

  5. Lu, Y., Cui, Y., Cao, L., Dong, Z., Cheng, L., Wu, W., Wang, C., Liu, X., Liu, Y., Zhang, B., Li, D., Zhao, B., Wang, H., Li, K., Ma, L., Shi, W., Li, W., Ma, Y., Du, Z., … Jiang, T. (2024). Macaque Brainnetome Atlas: A multifaceted brain map with parcellation, connection, and histology. Science Bulletin, 69(14), 2241–2259. https://doi.org/10.1016/j.scib.2024.03.031 ↩

  6. Reveley, C., Gruslys, A., Ye, F. Q., Glen, D., Samaha, J., E. Russ, B., Saad, Z., K. Seth, A., Leopold, D. A., & Saleem, K. S. (2017). Three-Dimensional Digital Template Atlas of the Macaque Brain. Cerebral Cortex, 27(9), 4463–4477. https://doi.org/10.1093/cercor/bhw248 ↩