脑区图¶
全脑¶
快速出图¶
脑区图使用了surfplot
的API,结合图集文件,实现对某块脑区值的绘制。
目前支持图集包括:
例如绘制人类Glasser图集中左脑V1区域值为1,右脑MT区域值为1.5。
人类Glasser图集所有脑区名字:
- lh_V1
- lh_MST
- lh_V6
- lh_V2
- lh_V4
- lh_V4
- lh_V8
- lh_4
- lh_3b
- lh_FEF
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- rh_LBelt
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- rh_TE1m
- rh_PI
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- rh_p24
人类BNA图集所有脑区名字:
- lh_A8m
- lh_A8dl
- lh_A9l
- lh_A6dl
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- lh_A10m
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猕猴CHARM 5-level集所有脑区名字:
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猕猴CHARM 6-level集所有脑区名字:
- lh_area_32
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- rh_V4d
- rh_V4v
- rh_V3A
- rh_V3d
- rh_V3v
- rh_possibly_V2
- rh_clearly_V2
- rh_V1
猕猴BNA集所有脑区名字:
- lh_FP_d
- lh_FP_m
- lh_FP_v
- lh_SFG_rm
- lh_SFG_cm
- lh_SFG_r
- lh_SFG_ri
- lh_SFG_ci
- lh_SFG_c
- lh_IFG_rd
- lh_IFG_cd
- lh_IFG_cv
- lh_IFG_iv
- lh_IFG_rv
- lh_OrG_rm
- lh_OrG_cm
- lh_OrG_ri
- lh_OrG_ci
- lh_OrG_rl
- lh_OrG_cl
- lh_M1_v
- lh_M1_i
- lh_M1_d
- lh_M1_m
- lh_PM_rd
- lh_PM_cd
- lh_PM_i
- lh_PM_cv
- lh_PM_rv
- lh_PM_rm
- lh_PM_cm
- lh_PoCG_dm
- lh_PoCG_d
- lh_PoCG_i
- lh_PoCG_v
- lh_FPO_r
- lh_FPO_ri
- lh_FPO_ci
- lh_FPO_c
- lh_SPL_rv
- lh_SPL_iv
- lh_SPL_cv
- lh_SPL_rd
- lh_SPL_cd
- lh_SPL_m
- lh_IPL_sr
- lh_IPL_sri
- lh_IPL_sci
- lh_IPL_sc
- lh_IPL_gr
- lh_IPL_gri
- lh_IPL_gci
- lh_IPL_gc
- lh_PrCu_vr
- lh_PrCu_dr
- lh_PrCu_dc
- lh_PrCu_di
- lh_PrCu_vi
- lh_PrCu_vc
- lh_PrL_d
- lh_PrL_i
- lh_PrL_STS
- lh_PrL_v
- lh_SFL_r
- lh_SFL_i
- lh_STG_gc
- lh_STG_gr
- lh_STG_gri
- lh_STG_gci
- lh_STSU_rEx
- lh_STSU_cEx
- lh_STSU_r
- lh_STSU_ri
- lh_STSU_ci
- lh_STSU_c
- lh_STSL_r
- lh_STSL_cIn
- lh_STSL_cEx
- lh_ITG_gr
- lh_ITG_gdc
- lh_ITG_gvc
- lh_PHG_r
- lh_PHG_mi
- lh_PHG_li
- lh_PHG_cm
- lh_PHG_cl
- lh_TP_vr
- lh_TP_mr
- lh_TP_lr
- lh_TP_dr
- lh_TP_cEx
- lh_TP_cIn
- lh_V1_cm
- lh_V1_dl
- lh_V1_vl
- lh_V1_mvi
- lh_V1_mdi
- lh_V1_rm
- lh_V2_l
- lh_V2_d
- lh_V2_v
- lh_V2_dm
- lh_V2_vm
- lh_VMO_l
- lh_VMO_i
- lh_VMO_m
- lh_INS_vr
- lh_INS_dr
- lh_INS_ri
- lh_INS_v
- lh_INS_ci
- lh_INS_c
- lh_CG_vr
- lh_CG_ir
- lh_CG_dr
- lh_CG_idr
- lh_CG_idc
- lh_CG_ivr
- lh_CG_ivc
- lh_CG_dc
- lh_CG_vc
- lh_CG_RSr
- lh_CG_RSi
- lh_CG_RSc
- rh_FP_d
- rh_FP_m
- rh_FP_v
- rh_SFG_rm
- rh_SFG_cm
- rh_SFG_r
- rh_SFG_ri
- rh_SFG_ci
- rh_SFG_c
- rh_IFG_rd
- rh_IFG_cd
- rh_IFG_cv
- rh_IFG_iv
- rh_IFG_rv
- rh_OrG_rm
- rh_OrG_cm
- rh_OrG_ri
- rh_OrG_ci
- rh_OrG_rl
- rh_OrG_cl
- rh_M1_v
- rh_M1_i
- rh_M1_d
- rh_M1_m
- rh_PM_rd
- rh_PM_cd
- rh_PM_i
- rh_PM_cv
- rh_PM_rv
- rh_PM_rm
- rh_PM_cm
- rh_PoCG_dm
- rh_PoCG_d
- rh_PoCG_i
- rh_PoCG_v
- rh_FPO_r
- rh_FPO_ri
- rh_FPO_ci
- rh_FPO_c
- rh_SPL_rv
- rh_SPL_iv
- rh_SPL_cv
- rh_SPL_rd
- rh_SPL_cd
- rh_SPL_m
- rh_IPL_sr
- rh_IPL_sri
- rh_IPL_sci
- rh_IPL_sc
- rh_IPL_gr
- rh_IPL_gri
- rh_IPL_gci
- rh_IPL_gc
- rh_PrCu_vr
- rh_PrCu_dr
- rh_PrCu_dc
- rh_PrCu_di
- rh_PrCu_vi
- rh_PrCu_vc
- rh_PrL_d
- rh_PrL_i
- rh_PrL_STS
- rh_PrL_v
- rh_SFL_r
- rh_SFL_i
- rh_STG_gc
- rh_STG_gr
- rh_STG_gri
- rh_STG_gci
- rh_STSU_rEx
- rh_STSU_cEx
- rh_STSU_r
- rh_STSU_ri
- rh_STSU_ci
- rh_STSU_c
- rh_STSL_r
- rh_STSL_cIn
- rh_STSL_cEx
- rh_ITG_gr
- rh_ITG_gdc
- rh_ITG_gvc
- rh_PHG_r
- rh_PHG_mi
- rh_PHG_li
- rh_PHG_cm
- rh_PHG_cl
- rh_TP_vr
- rh_TP_mr
- rh_TP_lr
- rh_TP_dr
- rh_TP_cEx
- rh_TP_cIn
- rh_V1_cm
- rh_V1_dl
- rh_V1_vl
- rh_V1_mvi
- rh_V1_mdi
- rh_V1_rm
- rh_V2_l
- rh_V2_d
- rh_V2_v
- rh_V2_dm
- rh_V2_vm
- rh_VMO_l
- rh_VMO_i
- rh_VMO_m
- rh_INS_vr
- rh_INS_dr
- rh_INS_ri
- rh_INS_v
- rh_INS_ci
- rh_INS_c
- rh_CG_vr
- rh_CG_ir
- rh_CG_dr
- rh_CG_idr
- rh_CG_idc
- rh_CG_ivr
- rh_CG_ivc
- rh_CG_dc
- rh_CG_vc
- rh_CG_RSr
- rh_CG_RSi
- rh_CG_RSc
猕猴D99集所有脑区名字:
- lh_8Bm
- lh_11l
- lh_14r
- lh_v23a
- lh_Ia
- lh_13b
- lh_36c
- lh_24a'
- lh_10mc
- lh_CPB
- lh_29
- lh_v23b
- lh_13l
- lh_V4
- lh_31
- lh_Ig
- lh_ML
- lh_23a
- lh_ER
- lh_10o
- lh_VIP
- lh_LIPv
- lh_8Bs
- lh_V1
- lh_G
- lh_9d
- lh_7op
- lh_V4t
- lh_46f
- lh_PE
- lh_TEav
- lh_32
- lh_AL
- lh_10mr
- lh_24b
- lh_½
- lh_8Av
- lh_ECL
- lh_FST
- lh_12m
- lh_V6Av
- lh_8Bd
- lh_TGvd
- lh_V3d
- lh_F1
- lh_Iam
- lh_SII
- lh_23b
- lh_13m
- lh_9m
- lh_EI
- lh_RPB
- lh_13a
- lh_AONd/m
- lh_F3
- lh_R
- lh_V6
- lh_TFO
- lh_V4v
- lh_46v
- lh_PEc
- lh_TGdd
- lh_35
- lh_A1
- lh_Ial
- lh_7m
- lh_v23b_question
- lh_23c
- lh_EC
- lh_Id
- lh_MIP
- lh_PIP
- lh_PFG/PF
- lh_TEpd
- lh_V3v
- lh_44
- lh_MT
- lh_TEm
- lh_Tpt
- lh_24c
- lh_MST
- lh_RM
- lh_STGr
- lh_Pi
- lh_F6
- lh_DP
- lh_12r
- lh_PrCO
- lh_PEci
- lh_TGdg
- lh_AIP
- lh_36p
- lh_LOP
- lh_11m
- lh_RTp
- lh_AONl
- lh_25
- lh_Pir
- lh_Iapm
- lh_RT
- lh_Opt/PG
- lh_TEpv
- lh_V3A
- lh_45a
- lh_TEO
- lh_F7
- lh_46d
- lh_Iai
- lh_F5
- lh_LIPd
- lh_V2
- lh_36r
- lh_12l
- lh_PEa
- lh_TGsts
- lh_RTM
- lh_3a/b
- lh_TGa
- lh_V6Ad
- lh_TF
- lh_45b
- lh_TEad
- lh_PGa
- lh_F4
- lh_8Ad
- lh_RTL
- lh_12o
- lh_CM
- lh_TAa
- lh_F2
- lh_TGvg
- lh_CL
- lh_TPO
- lh_TEa
- lh_IPa
- lh_ELr
- lh_ELc
- lh_V2_question
- lh_V2_or_v23b_question
- lh_30
- lh_24b'
- lh_24a
- lh_24c'
- lh_14c
- lh_TTv
- lh_EO
- lh_TH
- lh_Iapl
- lh_Ri
- rh_8Bm
- rh_11l
- rh_14r
- rh_v23a
- rh_Ia
- rh_13b
- rh_36c
- rh_24a'
- rh_10mc
- rh_CPB
- rh_29
- rh_v23b
- rh_13l
- rh_V4
- rh_31
- rh_Ig
- rh_ML
- rh_23a
- rh_ER
- rh_10o
- rh_VIP
- rh_LIPv
- rh_8Bs
- rh_V1
- rh_G
- rh_9d
- rh_7op
- rh_V4t
- rh_46f
- rh_PE
- rh_TEav
- rh_32
- rh_AL
- rh_10mr
- rh_24b
- rh_½
- rh_8Av
- rh_ECL
- rh_FST
- rh_12m
- rh_V6Av
- rh_8Bd
- rh_TGvd
- rh_V3d
- rh_F1
- rh_Iam
- rh_SII
- rh_23b
- rh_13m
- rh_9m
- rh_EI
- rh_RPB
- rh_13a
- rh_AONd/m
- rh_F3
- rh_R
- rh_V6
- rh_TFO
- rh_V4v
- rh_46v
- rh_PEc
- rh_TGdd
- rh_35
- rh_A1
- rh_Ial
- rh_7m
- rh_v23b_question
- rh_23c
- rh_EC
- rh_Id
- rh_MIP
- rh_PIP
- rh_PFG/PF
- rh_TEpd
- rh_V3v
- rh_44
- rh_MT
- rh_TEm
- rh_Tpt
- rh_24c
- rh_MST
- rh_RM
- rh_STGr
- rh_Pi
- rh_F6
- rh_DP
- rh_12r
- rh_PrCO
- rh_PEci
- rh_TGdg
- rh_AIP
- rh_36p
- rh_LOP
- rh_11m
- rh_RTp
- rh_AONl
- rh_25
- rh_Pir
- rh_Iapm
- rh_RT
- rh_Opt/PG
- rh_TEpv
- rh_V3A
- rh_45a
- rh_TEO
- rh_F7
- rh_46d
- rh_Iai
- rh_F5
- rh_LIPd
- rh_V2
- rh_36r
- rh_12l
- rh_PEa
- rh_TGsts
- rh_RTM
- rh_3a/b
- rh_TGa
- rh_V6Ad
- rh_TF
- rh_45b
- rh_TEad
- rh_PGa
- rh_F4
- rh_8Ad
- rh_RTL
- rh_12o
- rh_CM
- rh_TAa
- rh_F2
- rh_TGvg
- rh_CL
- rh_TPO
- rh_TEa
- rh_IPa
- rh_ELr
- rh_ELc
- rh_V2_question
- rh_V2_or_v23b_question
- rh_30
- rh_24b'
- rh_24a
- rh_24c'
- rh_14c
- rh_TTv
- rh_EO
- rh_TH
- rh_Iapl
- rh_Ri
黑猩猩BNA集所有脑区名字:
- lh_SFG.r
- lh_SFG.ri
- lh_SFG.ci
- lh_SFG.c
- lh_SFG.lc
- lh_SFG.mc
- lh_MFG.r
- lh_MFG.ri
- lh_MFG.i
- lh_MFG.di
- lh_MFG.vi
- lh_MFG.dc
- lh_MFG.vc
- lh_IFG.r
- lh_IFG.ri
- lh_IFG.ci
- lh_IFG.dc
- lh_IFG.vc
- lh_IFG.c
- lh_OrG.m
- lh_OrG.r
- lh_OrG.i
- lh_OrG.c
- lh_OrG.rl
- lh_OrG.cl
- lh_PrG.rd
- lh_PrG.cd
- lh_PrG.ri
- lh_PrG.ci
- lh_PrG.i
- lh_PrG.vi
- lh_PrG.v
- lh_PCL.r
- lh_PCL.c
- lh_STG.r
- lh_STG.ri
- lh_STG.ci
- lh_STG.c
- lh_STG.dc
- lh_STG.vc
- lh_MTG.r
- lh_MTG.i
- lh_MTG.c
- lh_MTG.cv
- lh_ITG.r
- lh_ITG.dr
- lh_ITG.vr
- lh_ITG.i
- lh_ITG.dc
- lh_ITG.vc
- lh_ITG.c
- lh_FuG.r
- lh_FuG.ri
- lh_FuG.ci
- lh_FuG.m
- lh_FuG.lc
- lh_FuG.mc
- lh_PhG.r
- lh_PhG.mi
- lh_PhG.li
- lh_PhG.mc
- lh_PhG.lc
- lh_SPL.dr
- lh_SPL.vr
- lh_SPL.i
- lh_SPL.ci
- lh_SPL.c
- lh_IPL.r
- lh_IPL.ri
- lh_IPL.v
- lh_IPL.ci
- lh_IPL.c
- lh_PrL.r
- lh_PrL.c
- lh_Pcun.d
- lh_Pcun.di
- lh_Pcun.vi
- lh_Pcun.v
- lh_PoG.d
- lh_PoG.i
- lh_PoG.v
- lh_INS.dr
- lh_INS.ir
- lh_INS.vr
- lh_INS.rd
- lh_INS.cd
- lh_INS.i
- lh_INS.v
- lh_CG.r
- lh_CG.i
- lh_CG.dc
- lh_CG.vc
- lh_MVOcC.rd
- lh_MVOcC.cd
- lh_MVOcC.rv
- lh_MVOcC.cv
- lh_LOcC.d
- lh_LOcC.i
- lh_LOcC.rv
- lh_LOcC.cv
- rh_SFG.r
- rh_SFG.ri
- rh_SFG.ci
- rh_SFG.c
- rh_SFG.lc
- rh_SFG.mc
- rh_MFG.r
- rh_MFG.ri
- rh_MFG.i
- rh_MFG.di
- rh_MFG.vi
- rh_MFG.dc
- rh_MFG.vc
- rh_IFG.r
- rh_IFG.ri
- rh_IFG.ci
- rh_IFG.dc
- rh_IFG.vc
- rh_IFG.c
- rh_OrG.m
- rh_OrG.r
- rh_OrG.i
- rh_OrG.c
- rh_OrG.rl
- rh_OrG.cl
- rh_PrG.rd
- rh_PrG.cd
- rh_PrG.ri
- rh_PrG.ci
- rh_PrG.i
- rh_PrG.vi
- rh_PrG.v
- rh_PCL.r
- rh_PCL.c
- rh_STG.r
- rh_STG.ri
- rh_STG.ci
- rh_STG.c
- rh_STG.dc
- rh_STG.vc
- rh_MTG.r
- rh_MTG.i
- rh_MTG.c
- rh_MTG.cv
- rh_ITG.r
- rh_ITG.dr
- rh_ITG.vr
- rh_ITG.i
- rh_ITG.dc
- rh_ITG.vc
- rh_ITG.c
- rh_FuG.r
- rh_FuG.ri
- rh_FuG.ci
- rh_FuG.m
- rh_FuG.lc
- rh_FuG.mc
- rh_PhG.r
- rh_PhG.mi
- rh_PhG.li
- rh_PhG.mc
- rh_PhG.lc
- rh_SPL.dr
- rh_SPL.vr
- rh_SPL.i
- rh_SPL.ci
- rh_SPL.c
- rh_IPL.r
- rh_IPL.ri
- rh_IPL.v
- rh_IPL.ci
- rh_IPL.c
- rh_PrL.r
- rh_PrL.c
- rh_Pcun.d
- rh_Pcun.di
- rh_Pcun.vi
- rh_Pcun.v
- rh_PoG.d
- rh_PoG.i
- rh_PoG.v
- rh_INS.dr
- rh_INS.ir
- rh_INS.vr
- rh_INS.rd
- rh_INS.cd
- rh_INS.i
- rh_INS.v
- rh_CG.r
- rh_CG.i
- rh_CG.dc
- rh_CG.vc
- rh_MVOcC.rd
- rh_MVOcC.cd
- rh_MVOcC.rv
- rh_MVOcC.cv
- rh_LOcC.d
- rh_LOcC.i
- rh_LOcC.rv
- rh_LOcC.cv
Warning
画图时请保证脑区名字正确。
同样还可以绘制猕猴和黑猩猩的图像。
from plotfig import *
macaque_data = {"lh_V1": 1}
chimpanzee_data = {"lh_MVOcC.rv": 1}
fig = plot_macaque_brain_figure(macaque_data, title_name="Macaque")
fig = plot_chimpanzee_brain_figure(chimpanzee_data, title_name="Chimpanzee")
参数设置¶
全部参数见plotfig.brain_surface
的API 文档。
Note
人/黑猩猩/猕猴脑区图绘制参数相同,只是函数名称以及图集名称不同。
我们可以选择真实沟回surface作为underlay图。 同时选择surfplot
api自带的colorbar (功能相对较少)。
from plotfig import *
data = {"lh_V1": 1, "rh_MT": 1.5, "rh_V1": -1}
fig = plot_human_brain_figure(
data,
surf="midthickness",
atlas="glasser",
cmap="bwr",
vmin=-1,
vmax=1,
colorbar=True,
colorbar_label_name="A",
colorbar_fontsize=10,
colorbar_nticks=4,
colorbar_shrink=0.2,
colorbar_location="right",
colorbar_draw_border=True,
)
也可以使用自定义功能更多的rjx_colorbar
。
Warning
使用rjx_colorbar
时请确保colorbar
为False
。
from plotfig import *
data = {"lh_V1": 1, "rh_MT": 1.5, "rh_V1": -1}
fig = plot_human_brain_figure(
data,
surf="inflated",
atlas="glasser",
cmap="viridis",
vmin=-1,
vmax=1,
colorbar=False,
rjx_colorbar=True,
rjx_colorbar_direction="vertical",
rjx_colorbar_label_name="A",
rjx_colorbar_tick_length=3,
rjx_colorbar_label_fontsize=15,
rjx_colorbar_tick_fontsize=10,
rjx_colorbar_outline=True,
rjx_colorbar_nticks=2
)
rjx_colorbar
还允许水平方向的colorbar,更加节省图片空间。
from plotfig import *
data = {"lh_V1": 1, "rh_MT": 1.5, "rh_V1": -1}
fig = plot_macaque_brain_figure(
data,
surf="veryinflated",
atlas="charm5",
cmap="viridis",
vmin=-1,
vmax=1,
colorbar=False,
rjx_colorbar=True,
rjx_colorbar_direction="horizontal",
rjx_colorbar_label_name="A",
rjx_colorbar_tick_length=3,
rjx_colorbar_label_fontsize=15,
rjx_colorbar_tick_fontsize=10,
rjx_colorbar_outline=True,
rjx_colorbar_nticks=3
)
半脑¶
有时我们只希望展示半边大脑。
Note
绘制半脑的函数参数与全脑基本相同。但是多了一个hemi
来指定绘制的半边,且仅有普通的colorbar
,而没有rjx_colorbar
。 需要强调的是,绘制左脑,请保证脑区名字为“lh_”开头,同理,绘制右脑,请保证脑区名字为“rh_”开头。
from plotfig import *
data = {"lh_V1": 1}
fig = plot_human_hemi_brain_figure(
data,
hemi="lh",
title_name="Left brain V1"
)
from plotfig import *
data = {"rh_V1": 1}
fig = plot_human_hemi_brain_figure(
data,
hemi="rh",
title_name="Right brain V1",
colorbar=True,
colorbar_label_name="A",
colorbar_aspect=8,
colorbar_fontsize=10,
colorbar_nticks=4,
colorbar_decimals=3
)
-
Glasser, M. F., Coalson, T. S., Robinson, E. C., Hacker, C. D., Harwell, J., Yacoub, E., Ugurbil, K., Andersson, J., Beckmann, C. F., Jenkinson, M., Smith, S. M., & Van Essen, D. C. (2016). A multi-modal parcellation of human cerebral cortex. Nature, 536(7615), Article 7615. https://doi.org/10.1038/nature18933 ↩
-
Fan, L., Li, H., Zhuo, J., Zhang, Y., Wang, J., Chen, L., Yang, Z., Chu, C., Xie, S., Laird, A. R., Fox, P. T., Eickhoff, S. B., Yu, C., & Jiang, T. (2016). The Human Brainnetome Atlas: A New Brain Atlas Based on Connectional Architecture. Cerebral Cortex (New York, N.Y.: 1991), 26(8), 3508–3526. https://doi.org/10.1093/cercor/bhw157 ↩
-
Jung, B., Taylor, P. A., Seidlitz, J., Sponheim, C., Perkins, P., Ungerleider, L. G., Glen, D., & Messinger, A. (2021). A comprehensive macaque fMRI pipeline and hierarchical atlas. NeuroImage, 235, 117997. https://doi.org/10.1016/j.neuroimage.2021.117997 ↩↩
-
Lu, Y., Cui, Y., Cao, L., Dong, Z., Cheng, L., Wu, W., Wang, C., Liu, X., Liu, Y., Zhang, B., Li, D., Zhao, B., Wang, H., Li, K., Ma, L., Shi, W., Li, W., Ma, Y., Du, Z., … Jiang, T. (2024). Macaque Brainnetome Atlas: A multifaceted brain map with parcellation, connection, and histology. Science Bulletin, 69(14), 2241–2259. https://doi.org/10.1016/j.scib.2024.03.031 ↩
-
Reveley, C., Gruslys, A., Ye, F. Q., Glen, D., Samaha, J., E. Russ, B., Saad, Z., K. Seth, A., Leopold, D. A., & Saleem, K. S. (2017). Three-Dimensional Digital Template Atlas of the Macaque Brain. Cerebral Cortex, 27(9), 4463–4477. https://doi.org/10.1093/cercor/bhw248 ↩
-
Wang, Y., Cheng, L., Li, D., Lu, Y., Wang, C., Wang, Y., Gao, C., Wang, H., Erichsen, C. T., Vanduffel, W., Hopkins, W. D., Sherwood, C. C., Jiang, T., Chu, C., & Fan, L. (2025). The Chimpanzee Brainnetome Atlas reveals distinct connectivity and gene expression profiles relative to humans. The Innovation, 0(0). https://doi.org/10.1016/j.xinn.2024.100755 ↩